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广岛吴市的梅雨季，空气中弥漫着腐木和消毒水的味道。高中生阿久津发现便利店冰柜显示-18℃，但冰淇淋却像融化的果冻。手机相册里，出现他从未踏足过的横滨港口，那里的蓝光，与生物课本第83页的波长惊人一致。周一在神社看到的红叶，周二又出现在学校操场。他开始做一些奇怪的梦，梦里总有一个穿着和服的女孩，她的眼睛里，倒映着鳞片。阿久津隐约觉得，这与那个总是出现在车站角落，带着蛇形纹身的女孩有关。周三，他发现自己笔芯永远用不完，而那个女孩，似乎正在寻找“克莱因瓶式时空结构”的钥匙。阿久津的数学老师，总是喷着奇怪的古龙水，味道和腐木惊人相似。他不知道，自己正被卷入一个关于“蛇姬”的古老传说，以及一个隐藏在城市阴影中的秘密组织。